İslam düşüncecinde metodoloji ile ilgili çalışmalar bilgiye ulaşma, ilimler arasında ilişkiler kurma ve değişen şartlar karşısında meseleleri farklı açılardan ele alma imkânı verir. Bu çerçevenin merkezinde yer alan usûl ve metodoloji, hakikati arama, bilgiyi üretme, nasları anlama ve yorumlama, yeni meseleler karşısında hükme ulaşma biçimidir. Usûl ve metodoloji, bir ilmin yöntemini belirlerken o ilmin vahiy, bilgi, insan, varlık ve değer anlayışıyla da yakından ilgilenir. Değişen zaman, zemin ve şartlar karşısında dinin sabitelerini koruyarak yeni meseleleri anlamak ve bunlara cevap üretmek, usûl ve metodolojinin yeniden ele alınmasını zorunlu kılmaktadır. Dolayısıyla İslâm düşünce geleneğinde tecdit arayışları büyük ölçüde bu çerçevede gelişmiştir.
İslâm Düşünce Enstitüsü, usûl ve metodoloji alanındaki bu zengin mirası tarihî seyri içinde incelemeyi ve günümüzün dinî, fikrî ve içtimaî meseleleri karşısında ortaya çıkan yöntem arayışlarını değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Kurucu nasların anlaşılması, içtihadın yeniden ele alınması, farklı yorum ve yaklaşımların değerlendirilmesi, dinin sabiteleri ile değişen şartlar arasındaki ilişkinin kurulması ve tecdit düşüncesinin ilmî bir zeminde tartışılması bu alanın başlıca araştırma konuları arasındadır. Bu doğrultuda İDE, usûl ve metodoloji konularını dersler, seminerler, konferanslar, ilmî müzakereler ve yayınlar aracılığıyla ele almaktadır. Bu etkinlikler, geçmişte oluşan yöntemlerin yeniden değerlendirilmesine, imkân ve sınırlarının tartışılmasına ve günümüzün bilgi ve düşünce sorunlarıyla ilişkisinin irdelenmesine katkı sunmaktadır.