İslâm Düşünce Enstitüsü, kuruluşundan bu yana Türkiye’de ve dünyanın farklı bölgelerinde faaliyet gösteren ilmî ve akademik kuruluşlarla iş birliklerini geliştirmeyi ve sürdürmeyi önemsemektedir. Bu çerçevede İDE, Türkiye ile İslâm dünyası ve küresel akademik çevreler arasında bir köprü olmayı, farklı ilim ve düşünce geleneklerinin karşılaşmasına, birbirini tanımasına ve ortak çalışmalar üretmesine katkıda bulunmayı hedeflemektedir. Bu kapsamda İİİT, International Islamic University Malaysia, Özbekistan İmam Tirmizi Uluslararası Bilimsel Araştırma Merkezi, Saraybosna İslami İlimler Fakültesi, Gazi Üniversitesi, Hoca Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi ile protokolleri imzalanmıştır.
İmzalanan protokoller çerçevesinde ortak tercüme ve yayın faaliyetleri, akademisyen ve araştırmacı değişimleri, ortak eğitim ve akademik programlar, seminerler, çalıştaylar ve konferanslar ile müşterek ilmî araştırmalar ve projeler yürütülmektedir.
- International Institute of Islamic Thought | Amerika
- International Islamic University Malaysia | Malezya
- İmam Mâtüridî Uluslararası Araştırma Enstitüsü | Özbekistan
- İmam Buhârî Uluslararası Araştırma Enstitüsü | Özbekistan
- İmam Tirmizî Uluslararası Araştırma Enstitüsü | Özbekistan
- Merkezu’l-Makâsıd | Fas
- Merkezu’t-Teşri ve’l-Ahlak | Katar
- Rashad Academy | İngiltere
- Trablus Üniversitesi | Lübnan
- Yurt Dışı Türkler ve Akraba Toplulukları Başkanlığı