Bilimlerin birliği ile kastedilen, bilginin iki kaynağı olan varlık ve vahiy ile bilginin iki aracı olan akıl ve duyular arasındaki bağı kuran, tenzil ile tekvini, gayb ile şehadeti mezceden küllî bir ilim tasavvurudur. Bu birlik terk edildiğinde ilmin dinî-dinî olmayan, şer’î-şer’î olmayan şeklinde tasnifi büyük kırılmaları doğurmakta, ilimler müstakil ihtisas alanlarına dönüşmektedir. Neticede vahye dayalı bilimler kâinattan kopmakta, tabii ilimler ise ahlâktan ve vahyî gayeden mahrum kalarak sadece maddi bilginin sınırlarına hapsolmaktadır.
Fârâbî’den Gazzâlî’ye, Kindî’den İbn Rüşd’e, İbn Sînâ’dan Râzî ve İbn Haldûn’a kadar kadim âlimlerimizin miras bıraktığı ilimler tasnifine dair literatür, Müslümanların bilimlere küllî bir tasavvurla baktığını ve bilimlerin tevhidine ne derece önem verdiklerini açıkça ortaya koymaktadır. İslam Düşünce Enstitüsü, “sahih nakil ile sarih akıl arasında çelişki olmaz” kaidesince insanı, vahyi ve kâinatı bir bütün olarak ele almakta, yeryüzünü imar ve halifelik vazifesini ifa edebilmek için vahyî, insanî ve kevnî ilimlerin tevhidini modern çağın buhranlarına karşı çıkış yolu olarak görmektedir. Buradan hareketle İDE, ilimlerin parçalanmışlığının önüne geçmek, küllî bir bakış açısını ortaya koymak ve bilimlerde birlik düşüncesini yeniden inşa etmek gayesiyle, küllî bir ilim tasavvurunu ve bilimlerin tevhidini öncelemektedir.